教祖は、人間の健康にとって一番大切なことは、農薬などの有毒な化学物質の残留がなく、しかも新鮮で生命力にあふれた作物を食べることだ、と説きました。その理念から、農薬や化学肥料を使用しないで土の生命力を最大限に生かして栽培する自然農法を創唱し、精力的にその普及に努めました。
昭和60年には、財団法人自然農法国際研究開発センターが設立され、普及活動がより活発化しました。同センターは、平成12年、農林水産省の有機JAS認定機関となり、社会的にも大きな信頼を得ています。長野県波田町にある農業試験場の他、愛知に技術普及を担う知多草木農場があります。
現在、自然農法の実施者は全国に広がっており、米や各種野菜、果樹などを栽培し、農産品は一般の食料品店舗でも取り引きされています。ブラジルでは、広大農地で各種野菜や穀物が栽培されています。また、タイでは、10万ヘクタールの農地で稲や野菜が栽培されています。アンゴラでも、274ヘクタールの農場で自然農法が始まるなど、世界中で自然農法の実践が行われています。
平成24年4月1日、「公益財団法人 自然農法国際研究開発センター」と名称変更し、新しくスタートしました。
また、関連会社である（株）瑞雲では、自然農法産の農産物や自然食品の流通販売をはじめ、自然派の化粧品や各種出版物の提供など、人々の幸せを願って幅広い活動を続けています。